Il Museo Etnografico Castiglioni è nato dalla donazione alla Città di Varese di migliaia di preziosi reperti da parte dei fratelli Alfredo e Angelo Castiglioni, che per sessant’anni hanno condotto missioni di ricerca e documentazione etnologica e archeologica soprattutto in Africa. Il Museo, situato nella dépendance di Villa Toeplitz, si sviluppa su due piani: il piano terra raccoglie la collezione archeologica, il piano primo quella etnografica. Quattro le sezioni principali: il deserto del Sahara preistorico, il deserto del Sahara storico, il deserto del Sahara recente, la savana africana.

Il Museo Etnografico Castiglioni fa parte dei Musei Civici di Varese riconosciuti come Museo nel 2004.