Il Museo è diviso in tre sezioni: quella archeologica, completamente rinnovata nel 2020, situata all'interno dell'ottocentesco Palazzo Comunale, è composta principalmente da corredi funerari della Cultura di Golasecca, sviluppatasi tra IX e il V secolo a.C. Il percorso include anche reperti da tre edifici religiosi sestesi. La sezione naturalistica è dedicata a geologia, fauna e flora del territorio compreso tra il Monte Rosa e i laghi della Provincia di Varese. La sezione di arte contemporanea, infine, comprende opere datate a partire dagli anni '60 del '900.

Il Museo Civico Archeologico è stato riconosciuto come Museo nel 2004.