Sede del Museo è il Monastero benedettino femminile di San Salvatore e Santa Giulia, fondato nel 753 d.C. dal re longobardo Desiderio. Il complesso occupa la zona nord-orientale della città antica dove, nel corso dei secoli, si sono sovrapposte e stratificate notevoli testimonianze archeologiche e monumentali: due domus romane, la chiesa di San Salvatore, la chiesa di Santa Maria in Solario , quella di Santa Giulia e il coro delle Monache.
Il percorso museale si articola intorno a due temi: l'uno riguarda la storia del monastero attraverso i suoi luoghi, l'altro è denso di opere e testimonianze provenienti dalla città e dal suo territorio, consultabili sul sito LBC Lombardia Beni Culturali.
Il complesso di Santa Giulia è stato riconosciuto dall'UNESCO patrimonio dell'Umanità nel 2011, all'interno del sito seriale "I Longobardi in Italia. I luoghi del potere".