La ricca raccolta di sculture conserva opere di età tardoantica, medievale e rinascimentale legate alla storia della città e della regione, provenienti da scavi archeologici o da chiese ed edifici non più esistenti oppure acquisite nel corso del tempo, mentre la pinacoteca, costituita da circa 1.500 opere, offre un itinerario che muove dall'arte tardogotica lombarda fino al Canaletto. Il percorso espositivo è integrato dalla sala dedicata alla Pietà Rondanini di Michelangelo, esposta dal 2015 nel sobrio e suggestivo allestimento dell’architetto Michele De Lucchi, e dalla Sala delle Asse, dove i restauri hanno restituito la corretta leggibilità della decorazione originale di Leonardo da Vinci.