Al secondo piano, la Pinacoteca Malaspina, parzialmente riallestita nel 2022, comprende dipinti che vanno dal XIV al XVI secolo, tra cui capolavori di Gentile da Fabriano, Antonello da Messina, Giovanni Bellini, Vincenzo Foppa, Ambrogio Bergognone e altri, e prosegue con la Pinacoteca del ‘600 e ‘700.

Il ricco patrimonio conservato all'interno del museo è catalogato in Lombardia Beni Culturali.