La sezione Archeologica ospita i reperti della Valchiavenna e dell’abitato di Chiavenna. Di particolare rilievo nelle collezioni sono i reperti del Paleolitico, spade, coltelli ed asce dell’età del bronzo, manufatti e una stele funeraria con epigrafe di età romana.
Il ricco patrimonio conservato all'interno del museo è catalogato in Lombardia Beni Culturali.
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