Il Palazzo del Podestà si affaccia su Piazza vecchia e Piazza Duomo, centro socio-politico cittadino tra epoca comunale e rinascimentale. Sorge a fianco del Palazzo della Ragione, sede del potere civile, e del Vescovado, sede del potere religioso. Edificato alla fine del XII secolo dalla potente famiglia Suardi, diventa residenza del Podestà in età comunale e sede dell'amministrazione della giustizia con la dominazione veneziana. 

Al piano terreno ci si può immergere nella Bergamo romana degli scavi archeologici che attestano il continuo riutilizzo dell'area in epoche diverse: all'impianto di epoca protostorica (VI-V sec. a.C.) seguono le botteghe di età romana tardo repubblicana e imperiale, sino ai livelli di abbandono tardo antichi.  

Al primo piano il Museo del Cinquecento accoglie una sezione dedicata alla costruzione delle Mura, segno indelebile della dominazione veneziana e parte del sito UNESCO "Opere di difesa veneziane del XVI e XVII secolo".