Il Museo di Storia Naturale, nato nel 1888, costituisce testimonianza storica della concezione museologica e delle interpretazioni della natura dell’epoca. Alcune vetrine e composizioni naturalistiche risalgono all’inizio del XIX secolo e fanno da cornice ad esemplari dello stesso periodo. Le collezioni principali sono costituite da mammiferi, uccelli e pesci, cui si aggiungono anche esemplari di rettili, anfibi e insetti. La Paleontologia è rappresentata dalla sala del Lariosauro che illustra le vicende dei ritrovamenti fossili del sauro lecchese, le sue caratteristiche e il paleoambiente del Triassico in cui viveva.

Il Museo di Storia Naturale di Lecco è stato riconosciuto da Regione Lombardia come Museo nel 2007.