Il Museo Civico Archeologico fu fondato nel 1561 come raccolta di lapidi romane e si arricchisce nel 1800 con le collezioni di P. Vimercati Sozzi e di G. Mantovani e successivamente con reperti provenienti da scavi effettuati nella città di Bergamo e nel territorio della provincia. Nel 1960 il Museo fu riallestito nel trecentesco Palazzo Visconteo della Cittadella, attuale sede. 
Nel 2023 è stato inaugurato il nuovo allestimento, che presenta reperti datati dal Paleolitico all’Altomedioevo, sino alla sala che per la prima volta accoglie la mummia di Ankhekhonsu.

Il Museo Civico Archeologico, riconosciuto come Museo nel 2004, si trova all'interno dell'area della città inserita nel sito UNESCO  "Opere di difesa veneziane del XVI e XVII secolo".