Il Museo raccoglie opere di arte antica provenienti dalla collezione Bernareggi e dal patrimonio diocesano, tra cui la Trinità, capolavoro di Lorenzo Lotto, accostate ad opere di arte contemporanea, raccolte nel corso dei progetti espositivi legati in particolare allo spazio dell’Oratorio di San Lupo. La sezione Museo e Tesoro della Cattedrale racconta le origini e la storia della chiesa di Bergamo e ne illustra le complesse e affascinanti vicende costruttive attraverso le strutture antiche portate alla luce dagli scavi archeologici. Nuovi spazi espositivi del Museo sono in fase di realizzazione (2023) presso l’area monumentale dell'Aula Picta della Curia di Bergamo, in Piazza Duomo 5.

Il Museo Diocesano "Adriano Bernareggi", riconosciuto come Museo nel 2004, si trova all'interno dell'area della città inserita nel sito UNESCO "Opere di difesa veneziane del XVI e XVII secolo".