Nato nel 1900 per custodire i beni artistici del Santuario di Santa Maria del Monte, il Museo ha arricchito il suo patrimonio grazie a donazioni, la più importante delle quali deriva da Giuseppe Baroffio Dall’Aglio, che nel 1929 ha devoluto la sede attuale. Nel 2001 le collezioni sono state incrementate con una sezione di arte del Novecento. Sono disponibili proposte di attività educative, itinerari a tema, visite guidate, tra cui quella al Santuario.

Il Sacro Monte di Varese, riconosciuto come Museo provvisoriamente nel 2004 e definitivamente nel 2011, fa parte del Sito UNESCO "Sacri Monti del Piemonte e della Lombardia".